• "Lehrsammlung" und
  
• "Referenzsammlung" aufgeteilt. 

Die ersten Kataloge (der "ältere" vermutlich 1862 oder '66, der "neuere" ca. 1878 erstellt) weisen eine große Anzahl der noch vorhandenen Skelett- und Schädelpräparate als Institutsbestand aus. Mit großer Sicherheit stammt ein Teil der Skelette und Schädel aus den Beständen des 1785 aufgelösten und an die Anatomie Marburg gegebenen Kasseler Anatomischen Theaters. Das Anatomische Institut überwies nach 4 Jahren Verhandlungsdauer um 1866 einen Teil seiner Sammlung an das Zoologische Institut. Viele Skelette und Schädel tragen heute noch eine Signatur "A.I." oder "A.S."; auch die Signatur "Journ.N." ist sowohl in der Zoologischen Sammlung als auch auf Präparaten der Sammlung des Anatomischen Instituts vorhanden.

Meisen und Nester in der Vogelsammlung

Amsel, Drossel, Fink (hintenrechts) und Star (nicht im Bild)

Von den "Dubletten aus dem Kurfürstlichen Kabinett zu Cassel", die 1817 bei Institutsgründung an die Zoologie gingen, ist nichts mehr sicher nachzuweisen. 

34 Mumienschädel sind aus unbekannter Quelle zwischen 1866 und 1878 an die Uni gekommen, denn sie werden erst im "neueren" der beiden Kataloge (ca. 1878) erwähnt.

Ausstellung vor Raum 1010: Mumienschädel

2001 wurde im Zuge einer Dachsanierung die Knochensammlung ausgelagert und dabei inventarisiert. Hierbei konnten auch seit 1878 vertauschte Exponate wieder zusammengefügt werden (z.B. die laut Katalog 1878 "fehlende" Kalotte einem Schädel wieder eindeutig zugeordnet werden).